Joaquín Andújar nació el 21 de diciembre de 1952, en San Pedro de Macorís, República Dominicana.

Andújar fue un lanzador derecho que en sus años de atleta medía 6’0” y 175 libras.

Firmó para jugar béisbol profesional el 14 de noviembre de 1969 como agente libre amateur para los Rojos de Cincinnati. El 24 de octubre de 1975 pasó a los Astros de Houston en un cambio que involucró al venezolano Luis Sánchez y al cubano Carlos Alfonso, a los Rojos.

Andújar debutó en el béisbol local con los melenudos para la campaña 1970-71. Luego pasó a las Estrellas Orientales para la temporada 1972-73, con los cuales brindó sus mejores años en la pelota local. Además, lanzó para los Tigres del Licey, en 1985-86.

En 14 temporadas en la Liga Dominicana, Andújar tuvo marca de 50-42, con 3.04 en carreras limpias permitidas. En 900.2 entradas, permitió 305 vueltas limpias, 842 hits, 382 bases por bolas y 448 ponches.

El lanzador derecho militó con Houston (1976-81), Cardenales de San Luis (1981-85) y Atléticos de Oakland (1986-87), en el exigente béisbol de las Mayores.

En el béisbol local, y con las Estrellas Orientales, Andújar tuvo marca de 6-1 en la estación 1974-75, con una efectividad de 2.27. Al año siguiente, en 1975-76, registró 7-2 con promedio de carreras limpias en 2.41 y 60 ponches, en su mayor cantidad en el béisbol local.

Ese mismo año, 1976, hizo su debut el 8 de abril de 1976 para ser el criollo No. 40 en jugar en Grandes Ligas, con los Astros con quienes estuvo hasta 1981. Sus mejores temporadas con Houston fueron en 1977 (11-8, 3.68) y 1979 (12-12, 3.43), siendo cambiado a San Luis el 29 de diciembre de 1981.

Con los Cardenales, en 1982, tuvo marca de 15-10, 137 ponchetes y efectividad de 2.47. Ayudó a San Luis a vencer en la Serie Mundial de 1982, ganando dos partidos, incluyendo el séptimo y decisivo juego. Perdió la votación del MVP a manos de su compañero Darrell Porter.

Luego de una mala temporada en 1983, regresó en 1984 para ganar 20 juegos, con 14 derrotas y efectividad de 3.34 en 261.1 entradas, con 147 ponchados y 70 transferencias.

Andújar, en 1985, acumuló récord de 21-12 con efectividad de 3.40, convirtiéndose ese año en el segundo lanzador dominicano con más de una temporada de 20 ó victorias en las mayores, con lo cual se unió a Juan Marichal.

El petromacorisano terminó su carrera en 1988 con los Astros de Houston, la organización que originalmente lo firmó y finalizó su accionar en las mayores con marca de 127-118, efectividad de 3.58, en 405 juegos y 2,153 innings.

A nivel local, concluyó con los Tigres del Licey en la temporada 1985-86, volviendo brevemente con las Estrellas Orientales en 1993-94.

Andújar fue exaltado al Pabellón de la Fama del Deporte Dominicano durante el ceremonial de 1999. Murió el 8 de
septiembre de 2015, después de batallar contra la diabetes.